不過，在這樣的趨勢背景下，銀行積極探索網點轉型的同時，卻也存在諸多的困境。比如，銀行的部分網點仍然缺乏精準的客戶定位及功能定位，網點的建設及資源投入無法做到與客戶的需求相一致。
自助終端設備小編認為在商貿市場區域的網點沒有信貸或公司業務功能，在城市大型居住社區的網點消費信貸功能薄弱，這種情況下，既無法實現對網點的精細化管理，也無法在人力等各類資源上進行針對性的投入，從而降低了網點運營效率，加大了網點運營成本。
同時，商業銀行長期形成的以合規文化為主導的文化氛圍，也會制約其在互聯網金融領域的創新。在合規文化主導下，各項業務首先強調的是規范，因而設計了很多制約環節和監控措施，如業務授權與事后監督，以及系統控制等。這使得商業銀行在開展創新時，流程長，制約多，難以快速響應客戶需求。另一方面，商業銀行的諸多風險控制措施主要從銀行自身的角度出發，未很好地平衡風險成本與客戶便利性的關系，導致流程繁瑣，也會影響客戶體驗。但互聯網企業推出的在線支付，只需要簡單的密碼驗證就可以完成操作，余額理財產品也是網上綁定銀行卡號即可購買，后續購買及贖回非常便捷。
銀行網點的營銷能力也相對薄弱。商業銀行受監管以及自身傳統理念的制約，在營銷的力度上遠不及互聯網企業，在營銷的方式上也更為傳統，難以適應互聯網時代的新趨勢。這在很大程度上影響到了商業銀行互聯網金融產品的品牌知名度，并對后續創新形成制約。大堂經理、個人客戶經理無論是從數量還是業務素質、現場管理能力等方面，也都還與業務發展的要求不相適應。
除此之外，網點的激勵約束機制也不夠完善。高鈞指出，對于資本密集和高科技密集型產業的銀行業而言，人才是影響商業銀行最寶貴的資源，也是構成銀行核心競爭力的關鍵要素。但是，銀行網點的內部激勵約束機制在選聘、考核、激勵、約束等各方面相對滯后，吸引人才、穩定骨干、激勵員工、鞭策落后的作用不夠突出，“鞭打快牛”、“負向激勵”的現象時有發生。近年來，我國商業銀行人才流失嚴重，這不僅使網點的人工成本增加，而且不利于網點的戰略發展。
